Liittokokous linjaa järjestön toiminnan tavoitteet ja periaatteet seuraavaan liittokokoukseen saakka. Liittokokouksia järjestetään 3-5 vuoden välein.

Järjestön sääntöjen mukaan jokainen maataloustuottajien liitto voi lähettää liittokokoukseen täyttä tuhatta yhdistystensä jäsentä kohden yhden edustajan. Edustajien määrä ratkeaa jäsenmaksunsa maksaneiden jäsenten perusteella.

Jokainen metsänomistajien liitto voi lähettää liittokokoukseen täyttä neljää tuhatta metsänhoitoyhdistyksen jäsenmaksun maksanutta jäsentä kohden yhden edustajan.

MTK:n valtuuskunta voi tarvittaessa päättää tätä laajemmasta liittokokouksesta, jota vietetään juhlakokouksena.

Turun liittokokous 29.-30.6.2007 on juhlakokous. Se on MTK:n 90-vuotisjuhlan kunniaksi sääntömääräistä suurempi: kaikilla jäsenyhdistyksillä on ollut mahdollisuus valita siihen edustajansa.

Vaikka liittokokous on suurin MTK:n kokous, se ei ole järjestön ylin päättävä elin. Järjestön korkeinta päätäntävaltaa käyttää MTK:n valtuuskunta.